1、臭氧消毒：臭氧是一種廣譜殺菌劑，可殺滅細菌繁殖體、孢子、病毒、真菌等。并破壞肉毒桿菌毒素。臭氧殺菌的機理是通過氧化破壞微生物膜的結構，達到殺菌效果。起初，臭氧作用于細胞膜，破壞細胞膜的成分，導致代謝紊亂。臭氧持續透過膜，破壞膜中的脂蛋白和脂多糖，改變細胞的通透性，導致細胞裂解、而死亡。臭氧滅活病毒的機理是通過氧化破壞病毒的RNA或DNA。
2、巴氏消毒：是指將液體加熱到一定溫度并持續一段時間，以殺死可能導致疾病、變質或不需要的發酵微生物的過程。巴氏消毒有兩個主要功能：①用于純化水系統中的活性炭等預處理單元的周期性消毒，RO/EDI單元的周期性消毒，以及儲存與分配管網單元的周期性消毒;②用于注射用水系統正常運行時的微生物抑制。
3、化學消毒：化學消毒是指用化學消毒藥物作用于微生物和病原體，使其蛋白質變性，失去正常功能而死亡。目前常用的有含氯消毒劑、氧化消毒劑、碘類消毒劑、醛類消毒劑、雜環類氣體消毒劑、酚類消毒劑、醇類消毒劑、季胺類消毒劑等。
